猪胚胎骨骼肌长链非编码RNA lncRNA-amd的鉴定及表达特征分析

• 作 者: 赵为民 王学敏 方晓敏 李碧侠 周李生 涂枫 付
• 机 构: 江苏省农业科学院
• 发表日期: 2004年期
• 关键词: 猪 lncRNA 肌肉 表达
• 基金项目: 国家生猪产业技术体系南京综合试验站（CARS-36）

(背景)猪胚胎骨骼肌的发育对肌肉的生长速度和肉质都具有重要的决定作用,目前对猪胚胎骨骼肌发育的研究主要是针对蛋白编码基因和miRNA,而对长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)研究还比较少,这种信息的丢失阻碍了深入理解猪胚胎骨骼肌的发育机制。研究表明lncRNA在各个细胞生命活动中发挥着越来越重要的作用,从最初X染色失活、基因印记已渗透到胚胎发育、干细胞的多能性、细胞分化、癌症等各种细胞生命活动中。(方法)为了探索lncRNA在猪胚胎骨骼肌发育中的作用,利用转录组测序(RNA-Seq)以及结合生物信息学分析在猪的胚胎骨骼肌中预测到一个lncRNA,命名为lncRNA-amd(lncRNA-associatedmuscledevelopment,lncRNA-amd)。拟通过RT-PCR方法鉴定该lncRNA-amd的基因结构,同时采集猪的不同组织以及不同发育阶段的肌肉组织来阐明该lncRNA-amd的表达特征。(结果)利用RT-PCR发现该lncRNA-amd有三个转录本,为lncRNA-amd_iso1-3,这三个转录本均由两个外显子构成,其中转录本lncRNA-amd_iso1-3的第二外显子大小完全一样,而它们的第一外显子长度大小不同,起始端一样。进一步分析发现该lncRNA-amd的外显子与内含子的分界均符合GT-AG规则,而且3端均含有AATAAA转录终止信号。组织表达谱分析发现lncRNA-amd_iso3转录本在肌肉中特异表达,在其它肝、肺、脾、肾组织中不表达,时空表达谱分析发现lncRNA-amd_iso3在胚胎骨骼肌的表达显著高于在成年骨骼肌中的表达(p<0.05)。(结论)研究结果表明该lncRNA-amd第一外显子的不同大小可能是5’端的选择性剪接造成的,同时组织与时空表达谱揭示该lncRNAamd可能在猪的胚胎骨骼肌发育中具有重要作用。