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太湖是我国第三大淡水湖泊，也是全国污染最严重的三个淡水湖泊之一。为了了解浅湖盆大型淡水湖的富营养化污染发展过程与微生物群落结构特征之间的关系，以期发展出一种可以用于富营养化污染监控和治理成效评估的生物检测指标和相应的技术程序，本文利用扩增16S rDNA基因V3区片段进行变性梯度凝胶电泳技术，对太湖水域内代表富营养化污染不同水平湖区底泥中细菌和古菌菌群群落结构特征进行了比较分析。