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本文提出了一种新的基于多层多基因表达式编程的进化算法M-MEP.本算法引入了多层超级染色体概念并采用多层染色体模型对个体进行并行表达,算法在解决函数发现和预测问题中取得了良好的效果.本文的主要贡献:(1)提出了基于多层染色体的多基因表达式编程算法M-MEP; (2)建立了不同子层染色体内部微基因跨层引用的模型以及多级存储结构;(3)提出了基于二维空间的染色体多元化遗传操作,包括二维交叉操作和二维变异操作.通过三组不同类别的数值分析实验和一组工业应用实验的对比分析结果表明M-MEP算法收敛速度快,进化结果精度高,算法的平均进化代数大幅降低.