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本文应用线粒体DNA控制区序列分析(826bp)分析和微卫星DNA标记分析(10个位点)相结合,对长江流域鲤的四个养殖群体(兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤、建鲤)和两个野生群体(长江湖北石首江段和江苏太湖)的遗传变异情况进行了分析。发现野生群体的遗传多样性明显地高于养殖群体(如多态位点数、基因多态性、核苷酸多样性、等位基因丰富度、杂合度等);养殖群体和野生群体间存在着显著的遗传分化。贝叶斯聚类分析表明:荷包红鲤、玻璃红鲤与建鲤均与普通野鲤、兴国红鲤存在明显的遗传差异,而兴国红鲤与普通野鲤的遗传差异相对较小。研究结果表明:遗传来源与选择压力差异造成了养殖群体的明显遗传分化,尤其是选择压力已对养殖群体的遗传变异产生了较为明显的驱动效应。