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土地复垦是一个复杂的多学科交叉的系统工程，学科基础极其重要。在进行土地复垦科学研究中，往往容易忽略一些基本的问题，而使土地复垦科学研究、试验示范、推广应用、监测监管等研究的结果失真甚至陷入泥潭难以自拔。究其原因：(1)尚未追溯理论依据，摸着石头过河，研究过程盲目进行；(2)一味借用传统的研究方法，尚未考虑土地复垦的特殊情况，造成研究结果与实际情况偏差较大；(3)涉及土地复垦工程技术的系统知识断片，逻辑起点与终点不明，造成技术应用性不强；(4)研究边界不清，造成影响评价等研究结果随意放大或缩小；(5)尚未系统考虑土地复垦点、线、面、网的关系，只见树木不管森林，造成与事物发展的趋势相悖；(6)室内盆栽实验、野外小区试验或田间实验应有的功能认识不足，实地调查与观测不够，造成应用效果不佳；(7)实验分析结果注重技术分析，忽略经济分析，造成实验、试验结果难以推广。