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采用底泥疏浚、生态沙洲和橡胶坝建设、蓝藻打捞和生态湿地修复等多种方法对南太湖部分富营养化水域进行了生态修复，通过比较生态治理区与非治理区2个蓝藻水华高发期(5月份和8月份)的水质理化因子、浮游植物种群结构及多样性指数、水体中微囊藻毒素含量、沉积物中营养物质含量等指标的变化对生态修复工程的效果进行了评估。结果表明：治理区水质理化指标均有一定程度的好转，其中5月份和8月份透明度相对于非治理区增加28％和212.5％；CODMn5月份治理区略高于非治理区，但8月份治理区CODMn降低23.68‰5月份治理区TN和TP含量与非治理区相当或略有增加，但8月份TN含量和TP分别降低23.78％和29.12％：叶绿素含量5月份和8月份降幅分别为79.62％和62.92％。从浮游植物群落结构及生物量角度分析，治理区微囊藻在浮游植物群落中所占的比例减少，且浮游植物生物量和细胞密度均有一定程度的降低，生物多样性增加。5月份和8月份治理区水体中微囊藻毒素含量比非治理区分别低46.6％和57.7％。沉积物中各种营养盐浓度均有一定程度的降低。由此可见，南太湖生态治理工程实施对于减轻南太湖营养盐内负荷、控制湖泊富营养化具有积极作用。