【摘 要】
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本文主要研究在于次毫秒级时间尺度上,对溶菌酶自然折叠状态下进行分子动力学模拟,用以研究整个溶菌酶在自然折叠状态下的构象空间,来分析溶菌酶在自然折叠状态下结构与
【机 构】
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吉林大学生命科学学院 吉林省长春市吉林大学前卫南区生命科学楼381,130012
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本文主要研究在于次毫秒级时间尺度上,对溶菌酶自然折叠状态下进行分子动力学模拟,用以研究整个溶菌酶在自然折叠状态下的构象空间,来分析溶菌酶在自然折叠状态下结构与功能的热力学与动力学关系。我们采用主链二面角分组方法,同时区分不同转换时间尺度的二面角,得出不同时间尺度下详细的构象分组,并与传统的PCA方法,MSM方法对比发现,在长时间尺度对自然折叠状态下,二面角分组有其独特的优势,不仅能够区分不同幅度的运动,还能得到不同运动所在的时间尺度。我们对各个分组内的构象进行了回旋半径、氢键、自然接触和疏水可及表面积计算对比发现,拥有晶体结构的所在组,比周围无晶体结构的组在不同时间尺度下各有特点。在与实验对比的过程中,模拟数据也和实验较好的吻合。通过进一步的模拟,我们用这种分组方法对所有构象进行了振动熵、构象熵以及能量计算,初步给出了一个在该体系下熵与能量的定量关系。
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