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深圳湾红树林生态系统地处城市腹地，其健康状况一直以来备受关注。本文结合深圳湾红树林生态系统的实地情况，对指示物种法、结构功能指标法、生态健康风险评估法、生态脆弱性和稳定性评价法、生态功能评价法等5种方法进行了比较分析。研究结果表明：5种方法都可以对湿地生态系统的健康状况进行评价，各有优缺点；但针对于深圳湾红树林生态系统，选取多项指标并构建基于PSR模型的深圳湾红树林生态系统健康评价体系，运用层次分析法对各项指标进行多方面的分析比较，才能更全面、更合理的反映深圳湾红树林生态系统的健康状况，从而为深圳湾红树林保护区的恢复与保护工作提供相应的理论依据和行之有效的对策。