【摘 要】
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DNA转座子能从基因组的一个靶位点迁出,插入到另一受体位点,改变生物基因组或者基因结构,为物种分化提供重要来源.本研究利用已知Tc1转座子的末端反向重复序列设计引物,
【机 构】
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上海海洋大学鱼类研究室,上海201306
【出 处】
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中国海洋湖沼学会、中国动物学会鱼类学分会第九届会员代表大会暨2014年学术研讨会
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DNA转座子能从基因组的一个靶位点迁出,插入到另一受体位点,改变生物基因组或者基因结构,为物种分化提供重要来源.本研究利用已知Tc1转座子的末端反向重复序列设计引物,从刀鲚基因组中分离出5条类Tc1转座子全长序列,命名为CNTc1.与欧鳒中具有活性的PPTN转座子进行比对,发现刀鲚类Tc1的转座酶氨基酸序列在羧基端存在缺失,而羧基端在转座过程中起催化作用.虽然刀鲚类Tc1转座子内部累积了多个终止子,但类Tc1转座酶的氨基端序列较保守,存在一个螺旋-转角-螺旋保守结构.三级结构模拟发现,其HTH氨基酸三级结构与PPTN的HTH三级结构极其类似,表明刀鲚类Tc1转座酶的氨基端DNA结合域可能具有结合能力和转座活性.扩增了刀鲚类Tc1转座子插入位点的3 端侧翼序列7条,5 端8条.分析发现,侧翼序列与转座子左右末端相邻的碱基保守性较高,表明转座子插入基因组时有一定的位点选择性.对侧翼序列GC含量进行统计,发现3 端和5 端的GC含量变幅较大并且偏低,表明转座子的转座活动可使基因组局部序列GC含量发生了变化.利用定量PCR测定了类Tc1转座子在江苏靖江、浙江象山、洞庭湖、鄱阳湖、太湖以及上海崇明岛6个刀鲚种群的拷贝数.发现鄱阳湖、太湖和洞庭湖等定居型种群的转座子拷贝数,明显高于海淡水洄游型种群,这表明淡水定居型种群可能起源于洄游型种群.我们推测,刀鲚在生殖洄游过程中某些个体被陆封,为了适应新环境而发生了类Tc1转座子活性的迸发,进而引起种群分化.
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