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目的：建立一套新型的氨基酸结构描述符，用此描述符进行多肽的定量构效关系研究。方法：通过理论计算得出167个氨基酸结构描述参数，再对167个参数进行主成份分析，从中提取出与氨基酸的三维结构性质密切相关的三个结构描述参数c1、c2、c3-scales。采用G/PLS算法，建立氨基酸结构描述符c-scales与多肽生物活性之间的函数关系，确定多肽的QSAR模型。结果：用此方法建立的缓激肽增效剂和ω一芋螺毒素的QSAR模型的相关系数和交叉验证相关系数，均在0.80以上。结论：氨基酸结构描述符c-seales，定量的描述了氨基酸的空间结构性质，利用此方法能建立预测能力很强的多肽QSAR模型。