【摘 要】
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本研究以福建主栽的草菇(Volvariella volvacea)品种屏优一号(Py)的两个可亲和单孢PYd15和PYd21为实验材料,采用Solexa测序法对PYd21进行denovo sequencing(从头测序),对
【机 构】
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福建农林大学菌物研究中心,福建 福州,350002
【出 处】
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中国菌物学会第五届会员代表大会暨2011年学术年会
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本研究以福建主栽的草菇(Volvariella volvacea)品种屏优一号(Py)的两个可亲和单孢PYd15和PYd21为实验材料,采用Solexa测序法对PYd21进行denovo sequencing(从头测序),对PYd15进行re-sequencing(重测序),并运用Soapdenovo软件对reads数据进行拼接.测序结果显示,草菇基因组约为37Mb,GC含量为48.52％.已拼接获得草菇基因组302个scaffold(＞1Kb)和2598个contig,序列总长度约为37Mb.其中,scaffold N50为499679bp,contigN50为469816bp,拼接达到精细图标准.运用针对真菌基因的软件Augustus(version2.1)预测获得11534个基因,基因总长度达到16.8Mb；通过Trf(Tandem Repeat Finder)软件预测,全基因组共有2184个串联重复序列；运用RepeatMasker和RepeatProteinMasker两种软件分别预测到1210个和1352个转座子；通过BLAST和PRIDICTION,共获得了4个rRNA、176个tRNA和46个snRNA.重测序结果分析显示,PYd15相对于参考序列PYd21存在着35389个SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)位点.全基因组中有1132个(短插入/缺失)InDel位点分布于71条scaffold上,其中scaffold30上分布了高达93个InDel位点.利用异常的pair-end进行SV(structure variation,结构变异)检测,获得了全基因组水平上的943个SV位点,其中scaffold133上的SV位点最多,达到51个.
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