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洞庭湖区湿地的生态环境在调蓄洪水、调节气候、涵养水源、净化水质、维护生物多样性等方面具有重要的作用。但是，多年来由于人类不合理的开发利用，给湿地生态系统带来了负面影响，致使湿地生态环境严重退化。目前，洞庭湖区湿地存在诸多问题，主要表现在：湖区环境污染日益加剧；生物多样性减少，珍稀物种濒危；泥沙淤积严重，湖泊萎缩，洪水水位升高，调蓄功能下降；水文环境趋于恶化，洪涝灾害日益频繁；血吸虫病盛行，疫区面积有扩展趋势；湿地生态质量下降，功能衰退。针对这些问题，提出：严格控制环境污染，切实做好洞庭湖水质监测工作，保护湖区湿地水环境；实施退田还湖和生态防护工程，减少泥沙淤积，确保湖泊蓄洪、分洪功能；因地制宜，综合治理，恢复湿地生态系统结构和功能；强化生态保护的教育，提高人口素质，加快对湿地保护的立法；优化湖区产业结构，走可持续发展之路；加强流域统一管理，建立跨区域生态管理模式等对策，以期洞庭湖区湿地生态环境得到恢复并向良性方向发展。