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台湾地区已鉴定有14种鼠科动物(不含宠物鼠及基因研究、经济或展示之进口鼠种)，分属2科7属，分别为高山田鼠(台湾田鼠Microtus kikuchii Kuroda)、台湾天鹅绒鼠(黑腹绒鼠Eothenomys melanogaster Edwards)、台湾森鼠(台湾姬鼠Apodemus semotus Thomas)、巢鼠(巢鼠Micromys minutus Pallas)、刺鼠(台湾白腹鼠Niviventer coxinga Swinhoe)、高山白腹鼠(台湾社鼠Niviventer culturatus Thomas)：、田鼷鼠(卡氏小鼠Mus caroli Bonhote、赤背条鼠(黑线姬鼠Apodemus agrarius Pallas)、小黄腹鼠(黄毛鼠Ratus losea Swinhoe)、鬼鼠(板齿鼠Bandicota indica Bechstein)、沟鼠(褐家鼠Rattus norvegicus Berkenhout)、缅甸小鼠(缅鼠Rattus exulans Peal )、亚洲家鼠(黄胸鼠Rattus tanezumi Temminck)及家鼷鼠(小家鼠Mus musculus Linnaeus)等，其中前6种为高山产鼠类。而危害农作物的野鼠以卡氏小鼠、黑线姬鼠、黄毛鼠、板齿鼠及褐家鼠等五种为主，另褐家鼠亦会和黄胸鼠及小家鼠一样常在仓库及住宅环境等地区出现。台湾鼠患的防治由3个单位掌理；农业单位、环保单位、卫生单位。农田、仓储之鼠害或称田鼠由农业单位掌理。食品加工场所及发生鼠媒疾病时即由卫生单位掌理，一般生活环境之鼠患或称家鼠由环保单位掌理。当社会反应大时则常联合分工方式进行，过去公共卫生条件不佳时会组织全国灭鼠活动，由政府部门提供药饵全区同步灭鼠。近年则常以灭鼠宣布周提醒国人注意灭鼠，有需要时可向公部索取灭鼠饵剂，不再全面发放。部分城市会评估防治前、后之效果，常用的方法有笼夜法及捕捉去除法，因地制宜，户外防治主要以饵剂为主，急毒性成分已完全禁止使用。现今常用鼠饵主成分为抗凝血剂；双灭鼠(Difenacoum)、扑灭鼠(Bromadiolon)、可灭鼠(Brodifacoum)、伏灭鼠(Flocoumafen)、立灭鼠(Difethialone)等。室内以捕杀为主，常用者如鼠板、鼠夹、鼠笼等。