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花生是世界上重要的油料作物，适应性很广，但是其生长和产量受连作影响严重。土壤微生物是衡量土壤肥力和植物生长状态的有效指标，对维持土壤生态功能和植物正常生长发育起到重要作用。本项研究，以18S rRNA基因文库分析为基础，研究在花生连作条件下，土壤真核微生物群落的演替过程。针对花生3个连续的生长周期以及不同的生长发育时期构建了8个18S rRNA基因文库。聚类分析表明，同一花生生长周期的土壤真核微生物群落结构相似。一共鉴定出了6个真核微生物类群，其中真菌在所有文库中占绝对优势。真菌群落在花生连作过程中表现出明显的动态变化，并且其多样性随着连作有增加的趋势。以下类群的丰度/多样性随着花生连作呈现增加的趋势，包括：散囊菌目、肉座菌目、球囊霉目、圆盘菌目、毛霉目和银耳目；而与伞菌目、鸡油菌目、盘菌目和Pyxidiophorales相关的克隆，其丰度/多样性则呈现出下降的趋势。本项研究结合之前的研究数据，表明土壤微生物群落结构受连作影响，特别是致病真菌和有益真菌的丰度和多样性在连作过程中呈现出明显的动态变化趋势，这在农业生态系统中应该是一个普遍现象。致病真菌的增加，有益真菌群落的简化可能是长期连作条件下影响花生生长和产量的重要因素。