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电喷雾串联质谱在有机化合物的结构鉴定中得到了广泛的应用，但是目前有机化合物在电喷雾串联质谱中的裂解规律非常匮乏。除了质子化导致的直接化学键断裂以外，在一个质子化离子的裂解反应中经常发生各种重排反应，掌握这些重排反应是深刻理解质谱裂解反应规律和运用多级质谱对有机化合物进行结构鉴定的重要前提。质子化引入的正电荷通常是质子化离子发生裂解反应的驱动力，但是当正电荷处于一个热力学稳定的位点的时候，母离子可能并不发生碎裂。只有当正电荷通过离子骨架重排转移到一些特殊的位点时，裂解反应才会发生。正电荷的转移主要是通过分子内阳离子基团的迁移、亲电或者亲核进攻来实现。本课题组近年来主要研究了电喷雾串联质谱中的质子和苄基迁移反应，形成了一些具有一定通用性的裂解反应规律。解离的质子化位点模型：在很多质子化离子的裂解反应中，只有当外加质子迁移到解离的质子化位点时，裂解反应才能发生。苄基迁移反应模型：在质子化 N-苄基化合物的裂解反应中，首先形成的苄基阳离子可以迁移到其它亲核性位点或者与中性碎片发生反应从而导致一些特殊碎片离子的产生。