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本文分析了窗函数离散傅立叶变换（DFT）的相位差高精度测量方法及其在双频激光干涉仪中的应用。通过合理选择窗口函数，使得相位差与信号频率无关。该算法实现简单，能够实时计算两路光束的相位差，精度高，且有效抑制高次谐波和噪声的影响，并通过仿真验证。结果表明该算法能够有效提高双频激光干涉仪的电子细分精度，达到纳米级测量。