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蛋白质与DNA 的结合和相互作用在基因表达和调控中具有十分重要的生物学意义。而在蛋白质与DNA 的结合中DNA 本身的结构扮演重要的角色。目前对基因调控过程的研究多数集中在蛋白质上，而将DNA 作为一个单纯的结合位点，少有目光投向DNA 自身结构的变化是否也参与到了调控过程中。在这个报告中我们将探讨DNA 的局部和长程结构形成中的序列效应。利用分子模拟探讨实验中观测到的DNA 别构效应的分子机制，解释了蛋白质与DNA 结合能力中所表现出的周期性震荡现象。同时，我们利用增强抽样的方法研究了DNA中错配碱基翻转的热力学和结构性质。