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目的:调查2003.1-2007.12分离自上海地区艾滋病患者的新生临床株的配型、基因型分布特征，为隐球菌病的诊疗提供科学依据。
方法:1.PCRfinger printing分型：以M13为单引物对模板DNA进行PCR扩增，参照标准菌株指纹图将临床株鉴定至8种基因型；2.多位点基因序列及系统进化学分析：对12株新生隐球菌临床株的ITS基因进行PCR扩增、测序、序列分析；CLUSTAL W1.83软件多重比对分析ITS序列的差别，MEGA3.1软件处理数据NJ法绘制系统进化树，bootstrapping法对系统进化树结果进行统计学检验，区分新生隐球菌grubii变种、neoformans变种及gattii隐球菌菌株；3.选用特异性引物PCR特异性扩增相关基因：鉴定α和a配型。
结果:1.分离自上海地区的12株隐球菌临床株中，9株(75％)为VNI基因型/α配型菌株；3株(25％)为VN II基因型/α配型菌株；2.ITS基因序列序列分析可以明确的将各临床株鉴定至变种水平，与PCR指纹分型分析结果吻合。
结论:分离自上海地区AIDS患者的新生隐球菌临床株存在一定的遗传多态性，以α配型，VN I基因型菌株为主，有少量VN II基因型菌株。