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核酸的二级结构在染色体组装及核酸行使正常功能的过程中至关重要。除了常见的Watson-Crick 双螺旋结构外，因特殊的碱基配对形式造成的包括三螺旋、G-四链体在内的特殊核酸二级结构的动态折叠对于核酸在不同的生理状态下行使功能起到了重要的调控作用。比如，癌症发生和发展的重要标志是癌基因的激活和高表达，而癌基因的激活和高表达与它的转录机制直接相关。