猪传染性胃肠炎病毒SCY株3’端8．5kb片段的克隆及序列特征分析

• 作 者: 殷华平[1]郭万柱[1]宋振辉[1]孙志勇[1]徐志文[1]王小玉[1]陈进会[2]杨丽[3]
• 机 构: 四川农业大学动物生物技术中心,四川,雅安 625014
• 出 处: 2007年中国畜牧兽医学会生物制品学分会中国微生物学会兽医微生物学专业委员会学术研讨会
• 发表日期: 2007年期

根据GenBank的核酸序列，设计6对引物自TGEV SCY株中分别扩增了长为1.5kb、2.0kb、1.1kb、1.4kb、1.4kb、1.3kb的6个片段，经克隆测序拼接后获得8495 bp的TGEV序列。根据与其他TGEV和冠状病毒的序列和结构特征比较表明，该段序列克隆了除TGEV聚合酶基因以外的S、M、N、E、NSP3a、NSP3b、ORF7共七个基因的核酸序列；根据S、M、N基因的序列构建的系统进化树分析表明，TGEV-SCY株与TS、HN2002、T014、TS、pudue等毒株亲缘关系较近；密码子偏爱性分析结果认为TGEV在对密码子的用法上存在轻微的偏向性，个别氨基酸偏向于选择以A和T结尾的密码子。