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近年来随着高通量测序技术的问世和发展，其在水产养殖中的应用研究渐渐受到重视。目前主流的高通量测序技术主要有Roche-454焦磷酸测序，Illumina Solexa合成测序和ABI-SOLiD连接法测序3种。高通量测序技术可大量节省时间、人力和仪器设备资源，每次反应可获取高达100万-48亿个序列标签或0.4-300Gbp的碱基数，但读长只有35-600bp，显著低于sanger法的750-1000bp，因此需要复杂的计算机拼接处理。目前，高通量测序技术在水产养殖上主要的应用有:①快速、高效和低成本地构建转录组;②全基因组草图构建;③大规模筛查SNP和基因分型。SNP遗传连锁图谱的构建依赖于大量高质量SNP位点的开发，高通量测序技术为大规模SNP的筛查提供了途径，从转录组中直接筛查获得SNP是常用的一种方法，目前在虾夷扇贝、栉孔扇贝和海参中均利用此方法获得了大量SNP。而全基因组范围的SNP基因分型主要有reduced-representation libraries(RRLs),complexity reduction of polymorphic sequences(CRoPS), restriction-site-associated DNAsequencing(RAD-seq)和low coverage genotyping等方法，其中RRLs已成功应用于虹鳟SNP的开发。总之，高通量测序技术在育种、物种多样性与保护、营养、病害防治和生理机制等方向均有重要应用，将推动水产养殖研究全面进入生物信息时代，促进水产养殖业的健康可持续发展。