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在电力系统中，超高压远距离输电采用串联电容补偿后，可能会发生电力系统次同步谐振（SSR）。抑制次同步谐振有多种措施，利用机端阻尼控制器（GTSDC）来抑制次同步谐振为其中的一种措施。但是，施加机端阻尼控制器在增加次同步振荡模态阻尼的同时，机端阻尼控制器产生的机端注入电流从原理上将对变压器保护（如差动保护）造成影响。本文分析了机端阻尼控制器注入机端电流的特点，并进一步从对离散傅里叶变换（DFT）的影响、对保护原理与灵敏度影响的角度，全面分析了机端阻尼控制器接入系统对变压器保护的影响，最后通过计算实例验证了分析的正确性。