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洞庭湖区具有区位、交通、资源和社会经济等优势；存在水旱灾害、城镇化水平不高、农村社会化服务体系建设相对滞后等劣势；面临低碳经济大环境、国家发展战略支撑、湖湘学者专家及政府领导重视等机遇；面对临水体污染较严重、血吸虫病抬头、条块分割各自为政、农业组织化程度低等挑战。建设洞庭湖生态经济区需加强湿地保育、成立流域水系统一管理机构、改善生态型基础设施、发展生态型产业体系、实行生态效益补偿机制、建立绿色GDP政府绩效考核机制及成立研究与管理协同中心。