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目的探讨儿童SLE基因组DNA甲基化水平在发病过程中的变化。方法对象为2005年至2009年在我院风湿免疫科确诊的SLE患儿。选取SLE患儿PBMC的DNA标本为疾病组,同期采集健康查体儿童PBMC的DNA标本为对照组。SLEDAI>10分为疾病活动组,<10分为相对静止组;分为<12岁和≥12岁组。取100 ng DNA标本,加入0.25 U Benzonase核酸酶,0.3 mU磷酸二酯酶I和0.2 U碱磷酸酶,用Tris缓冲液控制pH值在7.9,37℃水解6小时。利用Agilent 1200-6410B液相色谱-串联质谱仪和Agilent ZORBAX SB-AQ C18(2.1×50 mm,3.5 m)色谱柱对水解后样品分离定量。优化方法在5 min内完成一份样品检测,并行方法的日内稳定和日间稳定性评价,证明方法稳定可靠。实际样品进样量为10 mL,检测模式为MRM模式。测定5mdC和dG的峰面积比。以dG为内标,用标准曲线计算标本中DNA总体甲基化水平。结果疾病组38例,男女比8:30,年龄4～18岁,对照组30例,男女比11:19,年龄8～12岁。疾病组<12岁16例,≥12岁22例;对照组<12岁28例,≥12岁2例。SLEDAI≥10分12例,SLEDAI<10分26例。年龄与基因组DNA甲基化水平相关性分析显示差异无统计学意义(相关系数为-0.2125,P=0.268)。分别比较两组中男女间甲基化水平,差异无统计学意义(P>0.05)。疾病组甲基化水平(5.89%±0.41%)低于对照组(6.75%±0.79%),差异有统计学意义(t=5.613,P<0.001)。SLEDAI<10分和SLEDAI>10分组分别与对照组比较,甲基化水平均存在差异(p<0.001);SLEDAI<10分和≥10分组之间差异无统计学意义(p=0.993)。结论儿童SLE患者基因组DNA甲基化水平降低,提示在其发病过程中伴随着基因组甲基化水平的异常变化。