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鲌亚科(Cultrinae)是东亚特有鲤科类群之一,有18 属64 种或亚种,除依氏鱼属(Ischikauia)为日本所特有外,其余属种在中国均有分布.自鲌亚科建立以来,关于其单系性、系统位置和属间系统发育关系等问题一直存在着很大争议.随着分子系统学的兴起与广泛应用,传统形态学定义下的鲌亚科(称之为“狭义鲌亚科Cultrinae sensu stricto”)的单系性更是受到越来越多的质疑,随之新形式下的“广义鲌亚科Cultrinae sensu lato”也被不断提及,但其所包含的属种范围至今尚无定论.本研究共测定鲌亚科6 属12 种20 尾标本及其他鲤科5 属5 种鱼类标本的线粒体基因组全序列(16,610 bp～16,747 bp),并结合从GenBank 下载的鲌亚科6 属7 种、其他鲤科17 属21 种以及外类群胭脂鱼的线粒体基因组全序列为分子标记,通过对其进行分区(partitioned)与不分区(unpartitioned)处理,采用分区与不分区贝叶斯推断法(Bayesian Inference method)和最大似然法(Maximum Likelihood method)对狭义鲌亚科11 属的系统发育关系进行了重建.同时,采用松散分子钟方法,并以8 个化石记录和1 个地质事件作为校正点估算广义鲌亚科的起源与分化时间.此外,我们基于PBS 参数(Partitioned BremerSupport)对线粒体基因组中不同DNA 片段的系统重建能力进行了比较.结果显示：(1)狭义鲌亚科不是一个单系类群,其中,大鳍鱼属和罗碧鱼属不与鲌亚科其他属种聚在一起；其余9 属聚为一支,并可划分为3 群：鲌群、依氏鱼群和□群,其中,鲌群又可划分为鳊支和鲌支；鲂属、鳊属、华鳊属、鲌属、原鲌属和红鲌属构成鲌群,其中,前三属构成鳊支,后三属构成鲌支,是鲌亚科中的特化类群；依氏鱼属单独为一支,即依氏鱼群；□属和飘鱼属聚为一支,称之为□群,位于鲌亚科的基部位置；(2)将除去大鳍鱼属、罗碧鱼属及梅氏鳊属外的15 属重新定义为“狭义鲌亚科”,并与鲴亚科构成姐妹群关系；(3)鲂属、华鳊属和飘鱼属均不是单系群；(4)广义鲌亚科和本研究重新定义的“狭义鲌亚科”分别起源于始新世中期(～43Mya)和渐新世早期(～31.7 Mya)；(5)线粒体基因组数据的分区策略对解决狭义鲌亚科及其相关类群内部的系统发育关系及提升节点支持率上均无显著效果；(6)线粒体基因组中ND4 和ND5 基因的系统重建能力最高,而ND4L、ND3、12S 和ATP8 基因相对最差.