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为了解决传统生物信息集成在语义处理中的困难，首先分析了现有生物学本体知识及其在生物信息集成中的作用，然后将传统的基于中介模式的数据集成方法和本体技术相结合，提出了分布式环境下基于本体的生物信息集成框架(MOBIB)并对其中的关键模块进行了分析和讨论。MOBIB把本体应用于对多数据源查询处理的各个阶段，能较好地解决生物信息集成中存在的结构异构、语义异构、术语异构等问题。