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在欧洲，风险评估采用预防原则，目的是“为与转基因食品和饲料有关的人类生命和健康，动物健康和福利，以及环境和消费者的利益得到高水平的保护而提供基础”。评估的依据是欧盟有关环境议题的2001/18/EC 指令和EFSA的指南，以及相应的科学文献和自身的研究。在研究过程中，转基因植物中转基因的插入、表达、表型和稳定性、毒性、过敏原性、营养水平及是否实质等同等分子和表型特征，对环境的影响和管理计划应该是关注的重点。尽管在不少案例中都可以发现次生效应的线索，但是因为缺乏直接证据，相关研究工作不能深入下去。安全的结论经常是没有充分证明的。根据吏地利的实践，推荐三条经验：①有关特征和状态应有文献支持；②最低限度地遵从现存的评估指南；③评估指南中应详述定义、标准、检测参数、研究方法和地区条件。