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在放射性免疫治疗以及BNCT等放射性治疗过程中，α粒子通过与人体组织材料相互作用产生次级δ电子将能量传递给人体组织，放射性核素在细胞尺度分布的不均匀性将严重影响靶区剂量分布。为深入了解放射性核素在细胞中不同位置分布对靶区剂量影响，采用基于历史凝聚算法的Monte Carlo工具包Geant4编写了细胞S值计算程序。计算了2种细胞尺寸，12种α粒子能量，3种源分布方式的细胞S值，与MIRD委员会解析算法的计算结果进行对比，发现两者差异在1％以内。证明了Geant4在微米尺度下细胞剂量计算的可行性，并对BNCT治疗过程中产生的α粒子(1.47MeV与1.78MeV)的细胞S值进行计算，此结果可为今后BNCT的临床治疗使用提供重要的技术指标。