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本文阐述了由于我国大量使用化肥，导致我国土壤结构遭到严重破坏、有机质含量急剧下降、土壤微生物群落结构严重失衡等一系列突出的问题。因此，增施有机肥和人工引入有益微生物，再结合农业其它管理措施等可以有效提升土壤有机质含量、调控土壤微生物区系和增加土壤生物活性，达到利用土壤微生物内生态的自我稳定机制、平衡土壤微生物区系、提高土壤养分供应能力和防控土传病害的发生等目的。通过分析目前肥料产业存在的问题，建议(1)建立农业微生物菌种资源库，并不断发现和获取新菌株，并不断强化其功能;(2)建立不同固体有机废弃物堆肥资源化利用的研发平台;(3)建立控缓释肥和稳定性氮肥研发平台;(4)建立全元生物有机肥研发的交叉融合平台。