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山西堡子湾-九对沟金钼矿为一隐爆角砾岩型矿床。通过金、钼矿成岩成矿时代、成矿母岩地球化学特征、同位素地球化学特征以及矿石中黄铁矿稀土元素特征的对比研究，初步认为该金、钼矿成矿时代相近、成矿物质均来自岩浆，可能为同一Ⅰ型富集地幔源区岩浆经过演化形成的不同产物。氧化度高、分异演化程度低的二长花岗质岩浆形成堡子湾Au矿床，相对氧化程度低、分异演化程度高的流纹质岩浆形成九对沟Mo矿化。