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植物乳杆菌定居在一系列自然栖息地。系统发育分析表明，生境范围和核心基因组的多样性之间没有什么联系。然而，植物乳杆菌用于适应其生态位的功能遗传特征和进化策略还没有用统计学方法很好地研究过。在这项研究中，对NCBI 数据库中记录的140 个植物乳杆菌基因组进行了比较基因组分析，以评估遗传多样性并阐明与不同生态位(包括人类、乳制品、果蝇和蔬菜)的职业相关的区别特征。值得注意的是，从黑腹溞分离的菌株的基因组大小和气相色谱含量明显不同。通过将基因组与蛋白质直向同源群数据库、碳水化合物活性酶数据库、毒力因子数据库和综合抗生素抗性数据库进行比对，确定了来自这4 个生态位的菌株中统计上不同的功能基因组谱，以及一些功能基因与适应生境能力的相关性。在此基础上，从人粪便和中国泡菜中分离出20 株植物乳杆菌，并对其基因组特征进行了分析。随后，机器学习模型证实了植物乳杆菌在不同小生境中功能特征的一致性。这项研究表明，虽然大多数植物乳杆菌菌株不是其栖息地的本地菌株，并且具有不同的遗传背景，但这种生物可以在生态约束下经历基因组变异。此外，同一生态位内的菌株往往拥有相似的功能基因组图谱。