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以甜瓜(Cucumis melo L.)杂交一代品种东方蜜1号、东方蜜2号及其亲本和7个同母异父的杂交组合为实验材料，利用SSR标记对甜瓜杂交种纯度进行了快速鉴定。结果表明，应用筛选得到的12对东方蜜1号SSR特异性引物及3对东方蜜2号SSR特异性引物可快速准确地鉴定出杂交种中混杂的母本自交系种子，且鉴定结果与大田鉴定结果基本一致。利用SSR引物组合MS48+MS60和MS4+MS20分别可以把东方蜜1号、东方蜜2号与其各自亲本及同母异父的7个杂交组合完全区分开。应用SSR引物组合的方法不仅能够有效检测出混杂在杂交种中的母本自交系种子，也能检测出其它不明来源花粉所导致的生物性混杂，提高了甜瓜杂交种纯度检测结果的准确度。