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在本研究中，采用CE探究了一定长度的DNA与甲基化结合蛋白质所形成的复合物在中性毛细管中的自由溶液电泳迁移行为。该方法是基于DNA-蛋白质复合物与游离的DNA分子在一定的外加电场中有着不同的电泳迁移速率，并采用激光诱导荧光(LIF)来进行检测。实验结果表明，不同结合计量比的DNA-蛋白质复合物与游离的DNA能够实现很好的分离，并发现DNA-蛋白质复合物的电泳迁移率(u)大小与其所带电荷量、结合计量比以及分子量等存在着一定的函数关系。