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短短芽胞杆菌分布广泛，菌落形态也呈现多样性。并且在不同生长阶段，菌落形态也有所不同。目前已经有2株短短芽胞杆菌的全基因组被测序出来了，短短芽胞杆菌部分基因的功能也被人所了解，如编码二硫化物氧化还原酶的基因bdb、α-乙酰乳酸脱羧酶的基因aldB、耐碱性木聚糖酶xylB基因和细胞壁的合成基因等，特别是有抗菌活性的短杆菌酪肽的合成，其合成过程及所需酶均有研究。因短短芽胞杆菌的分布广泛、抗逆性、分泌胞外蛋白等优点，已被用于生物防治、作为分泌表达外源蛋白的宿主和微生物降解等方面。胞外物质被用于生物防治，但其胞外物质的成分还有待研究。