【摘 要】
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冷冻电镜三维重构技术是解析大分子晶体结构、研究生命本质的有力手段.为达到原子级别的分辨率，往往需要处理数十万张图片，因此需要有高性能的计算能力.EmanCUDA 是一款尚
【出 处】
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2010年全国高性能计算学术年会(HPC china2010)
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冷冻电镜三维重构技术是解析大分子晶体结构、研究生命本质的有力手段.为达到原子级别的分辨率，往往需要处理数十万张图片，因此需要有高性能的计算能力.EmanCUDA 是一款尚处于实验阶段的基于GPU 加速的冷冻电镜三维重构软件，利用了GPU 强大的浮点运算能力和并行处理能力.本论文针对 EmanCUDA 在实际应用中的不足和性能瓶颈，结合GPU的并行体系结构和 CUDA 编程模型，对EmanCUDA的存储管理模型和核心函数进行了优化.测试表明，优化后的EmanCUDA 在加速比、带宽利用率方面取得良好的效果.
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