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根据海藻糖-6-磷酸合成酶基因的部分EST序列设计引物，以柽柳总DNA为模板扩增得到一个大约4kb的片段，经克隆、测序分析，该片段与银杏的海藻糖-6-磷酸合成酶的相似性可达82％，且为全长序列。推测其编码1335氨基酸，分子量为96.17kD，理论等电点为5.57，为酸性蛋白。包含3个外显子，2个内含子。通过BlastP分析表明该基因编码的蛋白含有2个保守序列，分别为大肠杆菌海藻糖-6-磷酸合成酶otsA和otsB的保守序列，可知该基因属于海藻糖-6-磷酸合成酶蛋白家族。对该序列ClustalX分析结果表明，海藻糖-6-磷酸合成酶与银杏及陆地棉的同源性较高。