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质谱技术广泛应用于蛋白质的研究中,特别是基质辅助激光解析离子化质谱和液相色谱—质谱联用.与PCR和ELISA相比,该技术的优势是不依赖于病原特异的诊断试剂,如病原特异引物或抗体等.随着质谱技术以及与质谱配套的分离技术、多反应监控、免标记、iTraq以及后端的质谱数据的生物信息学分析技术的完善，可利用质谱对植物病毒、真菌、细菌等多种病原同时检测，具有检测覆盖面广、检测效率高优点，并可进行生理小种、耐受菌种株系的进一步区分。