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高等职业院校是一个动态发展的、平衡的有机系统，在这个系统内，各子系统的不同要素间和各子系统问应该形成一种良性的发展机理，以促进学校系统能够自发组织成为有序程度更高的系统。高职院校学校系统包含六个子系统，即方向动力系统、目标定位系统、理念期望系统、条件输入系统、组织管理系统和质量输出系统。对高职院校学校系统发展机理的研究应基于复杂理论的基本观点，立足高职院校学校系统的整体性、相互联系性、有序性和动态性等原则，去分析其各子系统的功能及相互间的能量交换，探析高职院校学校系统的动态平衡结构及其功能。提出为实现高职院校学校系统机理运行的有效性和畅通性，应加强高职院校学校系统的四大能力建设，即政策把握与方向定位能力、学术领导与行政管理能力、资源开发与成果提炼能力、质量监控与绩效评估能力。