【摘 要】
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通过研究正负离子在带电生物大分子周围的径向分布函数，证明了在生物大分子分子动力学模拟中正确放置盐离子的重要性。我们针对这一类生物大分子的MD模拟，提出了一种有效放
【机 构】
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首都师范大学化学系,北京西三环北路105号,100048
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通过研究正负离子在带电生物大分子周围的径向分布函数，证明了在生物大分子分子动力学模拟中正确放置盐离子的重要性。我们针对这一类生物大分子的MD模拟，提出了一种有效放置盐离子的新方案，并在我们自己研发的 Modar MD 软件包中实现了相关计算模块。进一步，我们将这种基于电势分布的最佳位点法与传统的 Monte Carlo方法相结合，在小蛋白质和 RNA 系统进行测试，结果表明新方法优于传统 Monte Carlo方法的初始离子分布。使用这种新的方法，可以使系统更快速达到稳定，因而可以缩短平衡阶段所需要的模拟时间。
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