【摘 要】
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目的：研究miR-195-5p在肝癌中表达以及其靶基因功能的生物学信息学分析.方法：通过国际癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库,分析了miR-195-5p在肝癌组织中的表达及其与患者生存之间的关系.通过miRwalk2.0数据库获取预测与有实验数据支持的miR-195-5p靶基因,利用DAVID生物信息数据库对其靶基因进行功能聚类分析(GO)及生物通路(KEGG)分析;以STRINGC在线分析软
【机 构】
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苏州大学附属儿童医院,江苏苏州215025
【出 处】
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第二十九届全国儿科药学学术年会暨第十届全国儿科药学中青年药师论文报告会
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目的：研究miR-195-5p在肝癌中表达以及其靶基因功能的生物学信息学分析.
方法：通过国际癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库,分析了miR-195-5p在肝癌组织中的表达及其与患者生存之间的关系.通过miRwalk2.0数据库获取预测与有实验数据支持的miR-195-5p靶基因,利用DAVID生物信息数据库对其靶基因进行功能聚类分析(GO)及生物通路(KEGG)分析;以STRINGC在线分析软件构建其靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选PPI网络中的核心基因.人类蛋白质图谱(HPA)数据库和基因表达谱数据动态分析(GEPIA)进一步验证筛选出的核心基因.
结果：基于TCGA数据库,miR-195-5p在肝癌组织中的水平显著低于配对的正常组织;miR-195-5p低表达的肝癌患者呈现一定预后差的趋势.miR-195-5p靶基因GO功能富集分析主要显著富集到蛋白磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、Wnt信号通路等生物学过程.KEGG富集分析靶基因显著富集于多个癌症相关通路.miR-195-5p靶基因编码蛋白之间存在复杂的相互作用,其中POLR2A、MIB1、MAPK3、ACACA、ASH1L以及MAP3K3是靶基因PPI网络中的核心基因,且MAPK3蛋白与mRNA表达水平在HCC组织中均显著增加.
结论：miR-195-5p表达下调可能在肝癌发生中起到重要作用,可能与MAPK3表达增加有关.
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