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[目的]通过2 种花吊丝竹叶片全蛋白的提取方法(TCA/酚提结合法和PEG 法)下双向电泳(2-DE)凝胶图谱的蛋白点数、凝胶分辨率、质谱鉴定的差异以及后续的生物信息学分析,探讨2 种提取方法的优劣及对花吊丝竹蛋白组研究的影响.[方法]以2 年生花吊丝竹的扦插苗为研究材料,通过2-DE 技术分离2 种方法提取的蛋白质,分析凝胶图谱中2 种方法的蛋白点数及匹配率等参数的区别,通过软件分析找到差异的低丰度的蛋白点后再通过MALDI-TOF MS 技术鉴定,经生物信息学分析后进一步分析蛋白参与的生物过程和代谢通路,以期发现2 种方法对蛋白组学的影响.[结果]在2 种方法的SDS-PAGE 分析中,PEG 法的5个组分的条带差异明显,全蛋白得到了有效的分离,在16％PEG 浓度的F3 中富集到了较多高丰度蛋白,与NF 中2 条颜色深色的蛋白带(15kDa 上箭头和60kDa 下箭头)位置基本相同,而F4 及F5 在相同区域并没有高丰度蛋白；2 种方法通过2-DE 图谱的均一性分析发现,TCA/酚提结合法中2-DE 显现的高丰度蛋白被分离在单一的PEG 组分F3 中,且5 个PEG 分组极大增加了2-DE 中蛋白质的检测率和分辨率,较多的低丰度的蛋白显现出来.PEG 法中F1-F5 共检测的蛋白总数超过了1700 个,但是相邻组存在一定的重叠率,而TCA丙酮/酚提结合法只能检测到571 个左右的蛋白点,5 个组与NF 平均有439 个蛋白点匹配,重叠率达到77.9％以上；MALDI-TOF MS 质谱鉴定了PEG 法与TCA 丙酮/酚提结合法的5 个差异点,经过NCBI 及UNIPROT数据库匹配得到5 个蛋白：1 号(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)、2 号(ATP 合成酶CF1β 亚基)、3 号(假定蛋白OsI_20531)、4 号(假定蛋白TRIUR3_08890)、5 号(磷酸丙糖异构酶),经过GO 功能分类及KEGG PATHWAY富集发现这5 个蛋白是植物体内糖酵解、糖异生和ATP 合成的重要辅酶,参与植物生物体的能量代谢及胁迫响应,是十分重要的蛋白质.[结论]通过TCA 丙酮/酚提结合法和PEG 法的2-DE 比较,发现传统TCA 丙酮/酚提结合法无法检测出花吊丝竹叶片中低丰度的蛋白质,而PEG 法通过不同浓度的PEG 将花吊丝竹叶片全蛋白分为5 个组,其中16％的PEG(F3)能够单一的富集较多的高丰度蛋白,提高了其他组的蛋白检测率(F4、F5),从而显著提高了2-DE 的分辨率,通过质谱技术能够检测到更多的影响生物体生长发育的低丰度蛋白,所以PEG 法是一种切实可行的且较为理想的蛋白组研究线路.