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目的：对番泻叶蒽酮生物合成代谢途径相关的关键酶基因苯丙氨酸解氨酶基因(phenylalanineammononia-lyase，PAL)和查尔酮合酶基因(chalconesynthase，CHS)的部分序列进行基因测序与生物信息学鉴定。
方法：利用近源和异源植物PAL基因的氨基酸序列中的保守区设计简并引物，依据文献设计CHS特异引物，进行PCR和双向测序，用DNA sequencinganalysis5.1软件自动分析原始测序数据，将测序结果用Bioedit软件序列拼接和NCBI的BLAST程序比对进行序列相似性搜索以及用DNAStar Megalign软件将结果与拟南芥和大豆的PAL及CHS基因序列进行配对比较(Pairwise Alignment)，分析相似性指数大小。
结果：经PCR获得三段扩增片段并由基因测序获得序列，序列编号1，2，3，大小依次为733bp、573bp和262bp。三条序列进行在线NCBI BLAST程序比对，得到的相似序列很短，未在其它植物中找到PAL基因或CHS基因相似序列。三条序列与拟南芥的PAL基因序列(GenBank登陆号：NC003071)、大豆的PAL基因序列(GenBank登陆号：S46988.1)、拟南芥的CHS基因序列(GenBank登陆号：NC003076)和大豆的CHS基因序列(GenBank登陆号：X52097)用DNAStar Megalign软件进行配对比较。序列1与拟南芥PAL基因序列和大豆PAL基因序列的相似性分别是37.1和30.2;序列2与拟南芥PAL基因序列和大豆PAL基因序列的相似性分别是33.4和29.7;拟南芥PAL基因序列和大豆PAL基因序列的相似性是71.2;序列3与拟南芥CHS基因序列和大豆CHS基因序列的相似性分别是32.6和29.7;拟南芥CHS基因序列和大豆CHS基因序列的相似性是61.6.三条序列与拟南芥的相似性均大于与大豆的相似性。
结论：对三段序列通过生物信息学分析未在其它植物中找到PAL基因或CHS基因相似序列，三条序列与拟南芥的相似性均大于与大豆的相似性，推测三条序列与拟南芥的同源性比大豆的同源性高。可初步确认三条序列是番泻叶的基因序列，并可作为序列标志，为进一步进行临床或科研上药效关联分析做初步基础研究。