DMD基因缺失机制和5例中国人连接片段序列分析

来源 :第三届中山国际急诊与灾难医学论坛暨广东省医学会第二次应急(灾难)医学学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:boyhill
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  目的 通过进行DMD基因缺失连接片段测序,分析中国人连接片段序列的一些特点并探讨DMD基因缺失和修复的机制.方法 选择5例经证实的缺失型DMD/BMD患者,其中病例1、病例2、病例3、病例4为DMD,病例5为BMD.抽提制备以上患者外周血基因组DNA.通过外显子PCR检测确定病例l为DMD基因第46~50外显子缺失,病例2为第51~55外显子缺失,病例3为第31~43外显子缺失,病例4为第45~54外显子缺失,病例5为第3~5外显子缺失.对各例DMD基因缺失断裂点所在的相应内含子上每间隔一定距离(一般为3kb)设计1对引物,通过PCR步移的方法定位相应内含子上的断裂点位点.然后分别在靠近其上下游断裂点处各设计1对配对引物,以直接对各例连接片段进行长片段PCR扩增,将扩增成功的PCR产物纯化后测序.对所测5例中国人连接片段5端和3端断裂点两侧的序列进行重复序列、基质附着区(MARs)、回文序列、TTTAAA序列以及基因缺失后修复方式的分析.结果 5例中国人连接片段的序列特点:分析发现JUNCTION l的5端断裂点位于第45内含子LINE/L1序列内,邻近MAR,附近存在回文序列,其3端断裂点邻近第50内含子的MAR;JUNCTION 2的5端断裂点附近存在回文序列,其3端断裂点位于第55内含子LINE/L1序列内;JUNCTION 3的5端断裂点位于第30内含子LINE/L1序列内,附近存在回文序列;JUNCTION 4的5端断裂点位于第44内含子LINE/L1序列内,邻近MAR,其3端断裂点两旁存在回文序列;JUNCTION 5的5端断裂点位于第2内含子SINE/Alu序列内,其3端断裂点邻近第5内含子的MAR,附近有TTTAAA序列.5例DMD基因缺失相连接的序列均无广泛同源性.发现JUNCTION l具有5 bp的微小同源序列连接断裂点两端;JUNCTION 2为平端连接,另外在其5端断裂点上游39 bp位置发现一处A→G点突变;JUNCTION 3插入7 bp序列连接断裂点两端;JUNCTION 4具有4bp的微小同源序列连接断裂点两端;JUNCTION 5插入26 bp序列并在连接点周围形成3个13 bp的重复连接断裂点两端,且在其5端断裂点上游20 bp位置发现一处A→G点突变.结论 DMD基因的一些二级结构特点促进其断裂重组.5例中国人连接片段序列总体上具备容易导致DMD基因缺失重组的所有分子结构特点,包括重复序列、MARs、回文序列、TTTAAA序列等.并且5例中国人连接片段均采取非同源末端连接进行修复,其连接特点包括微小同源性、小的插入、重复、平端连接.
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