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目的：了解2008年-2011年河南省手足口病的病原体型别及分布特征，为进一步完善手足口病预防控制措施提供依据。方法：采用普通RT-PCR、实时荧光RT—PCR方法，对河南省临床诊断手足口病病例标本进行肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(cAl6)和其他肠道病毒(EV)核酸检测，并进行病毒分离鉴定；扩增EV71分离毒株VP1区基因和序列测定，利用生物信息学软件对序列分析，构建序列遗传进化树；描述手足口病病原的构成比、人群分布和时间分布。结果：实验室诊断病例17876例，EV71、CA16和其他肠道病毒阳性构成比分别为62．70％、12．03％、25．27％，差异具有统计学意义；男女性别比为1．9：1，5岁以下儿童为手足口病的高危人群，其中1～3岁儿童病例最多，占诊断病例的86．04％，重症和死亡例病以EV71感染为主；EV71毒株VP1基因遗传进化分析，属于C基因型的C4亚型。结论：河南省手足口病主要病原是EV71和CA16，病原体构成比没有发生较大变化；EV71病毒为优势流行株，基因型没有发生改变，感染易导致重症和死亡病例。