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针对科技投入产出体系运行机理不明确的问题，本文根据灰色系统理论的灰关联分析方法确定财政科技投入对科技产出的贡献率，运用改进的灰色区间预测模型对财政科技投入进行预测，从而建立多目标线性规划模型，实现对未来财政科技投入结构的优化设计。并以江苏省为例，建立了江苏省财政科技投入结构的优化模型，并给出了江苏省在“十五”期间财政科技投入的结构优化调整方案。