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应用RT-PCR方法对华南地区某大型猪场疑似猪流行性腹泻病料检测，选取阳性病料接种到Vero细胞，命名为CH/GDGZ/2012(简称GD-12)株.用病毒RNA抽提物为模板，对GD-12的S基因抗原区片段的扩增、克隆后进行核苷酸测序.序列分析表明：CH/GDGZ/2012与CV777、Chinju99、Brl/87、DR13和SM98的核苷酸序列同源性分别为96.9％、93.0％、95.7％、96.7％和96.0％，氨基酸序列的同源性分别为97.7％、91.5％、95.4％、98.0％和94.8％.进化树分析结果显示：华南地区CH/GD-01/2011、CH/GDGZ/2012、GDHSY/2011、CH/GXQZ/2011毒株与经典毒株的遗传距离较大，处于不同的亚群.研究表明PEDV GD-12株己发生遗传变异、关键抗原表位发生较大变化，该研究可为诊断和防控该病提供参考.