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对河南省和吉林省共7个地区进行了鹿源隐孢子虫和十二指肠贾第虫分子流行病学研究。主要成果包括:(1)采用饱和蔗糖溶液漂浮法对采集的麋鹿、马鹿、梅花鹿共662份粪便样品进行检查,共发现6种肠道寄生虫,分别为球虫、隐孢子虫、贾第虫、圆线虫、鞭虫和绦虫,寄生虫总感染率为26.89%;(2)对45份隐孢子虫阳性样品进行基于SSU rRNA基因位点的PCR扩增以及序列比对、同源性分析、分子进化树构建,共鉴定出5个隐孢子虫虫种和1个基因型,包括11个C.parvum(24.44%)、5个C.andersoni(11.11%)、3个C.ubiquitum(6.67%)、1个C.muris(2.22%)、1个C.suis(2.22%)和24个Cryptosporidium deer genotype(53.33%).其中,Cryptosporidium deer genotype为优势感染基因型,C.andersoni、C.muris和C suis为首次在鹿体内发现的虫种;(3)对鹿源C.parvum和C.ubiquitum进行基于gp60基因的亚型分型,其中11个C.parvum分离株有5个被鉴定,包括4个IIaA15G2R2和1个IIdA19G1;3个C.ubiquitum分离株均属于XIIa subtype 2。IIaA15G2R2和IIdA19G1为首次在鹿体内鉴定的基因亚型;(4)基于SSU rRNA、TPI、GDH和BG共4个基因位点,对5份肠贾第虫阳性样品进行PCR扩增以及序列比对、同源性分析、分子进化树构建,仅在SSU rRNA基因位点鉴定出结果,全部为集聚体E.集聚体E为首次在鹿体内发现的集聚体。研究结果使我们更好地了解鹿在隐孢子虫和肠贾第虫在人兽传播中的作用和潜在威胁,具有一定的公共卫生意义,从而为进一步研究我国不同地区隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的分子流行病学以及有效防控提供了参考资料。