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琼东南盆地深水区长昌凹陷呈近EW向展布，明显异于深水区其它凹陷NE-NEE向特征，其沉积地层的结构、构造和地壳深部结构对分析其演化机制具有重要意义。时深转换剖面显示凹陷内部沉积层各时期厚度西厚东薄，反映沉积物源靠近西部；地壳厚度东厚西薄，且莫霍面最浅处出现在西部，但断层活动速率并不支持地壳减薄量西高于东，推测有几种可能情况：岩石圈/地壳的韧性程度东西有差异、长昌凹陷地壳的初始厚度存在差异，也可能是地壳伸展过程中的不均匀拉伸以及热物质在西部上涌所致。