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南水北调中线水源区为了保证“一江清水入库，一库清水北送”的目标，水污染防治及生态环境保护面临着紧迫的任务。环境保护目标和社会、经济发展之间存在很大矛盾。建立生态补偿制度有助于实现功能区因保护生态环境而牺牲经济发展的机会成本和额外环境保护成本的补偿。本文通过公平与效率、理论与可行等方面的分析指出，在我国现有的条件下，南水北调中线水源区水污染防治及水土保持建设中的生态补偿，应以中央和地方各级政府的财政补偿起主导作用。补偿方式包括中央一般财政转移支付和中央及地方政府的专项财政转移支付。