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咸潮入侵对珠江三角洲的危害在八十年代以前是以农业为主，但八十年代以后，随着区域经济的高速发展和人口的迅速增加，咸潮入侵的危害对象变为城市供水等水资源综合利用。从珠江口咸潮入侵的演变趋势来看，八十年代以前基本稳定在一个较弱的水平；但自1998年起，强咸潮入侵的频率显著提高，尤其是2004年以来，连续发生强咸潮入侵现象。珠江口咸潮入侵主要与上游径流减少、珠江口海平面上升、河口区河道地形地貌变化等因素有关，其中河口区河床下切和上游来水减少是最主要因素。